Bakı Xoreoqrafiya Akademiyasının ali idarəetmə orqanı Elmi Şuradır. Elmi Şuranın tərkibinə Akademiyanın rektoru (Elmi Şuranın sədri), prorektorlar, fakültə dekanları, aparıcı kafedraların müdirləri və digər mütəxəssislər daxil edilir.
Elmi Şuranın iclasları iki ayda bir dəfədən az olmamaq şərti ilə keçirilir. Elmi Şuranın qərarları Akademiya rektorunun əmri ilə təsdiq edilir.
Akademiyanın Elmi Şurası Akademiyanın inkişaf proqramını təsdiq edir, Akademiyanın fəaliyyəti barədə rektorun illik hesabatını dinləyir, tədris, təlim-tərbiyə, metodik və elmi tədqiqat işlərinin mühüm məsələlərini həll edir, qəbul sınaqlarını təşkil edir, kadrların hazırlanması və əlavə təhsili istiqamətində təkliflər verir, tədris planlarının və proqramlarının layihələrini, metodik, təlim-tərbiyə, elmi tədqiqat, redaksiya-nəşriyyat işlərinin və əlavə təhsil planlarının layihələrini müzakirə edir, Akademiyanın struktur bölmələrinin hesabatlarını dinləyir, dərsliklərin, dərs vəsaitlərinin, monoqrafiyaların, elmi və elmi-metodik ədəbiyyatın digər növlərinin layihələrini müzakirə edir, yüksəkixtisaslı elmi və elmi-pedaqoji kadrların hazırlanması istiqamətində iş aparır, Akademiyanın elmi-pedaqoji işçilərinə elmi adlar verilməsi üçün vəsatət qaldırır, dissertasiyaların mövzularını təsdiq edir, Akademiyanın maddi-texniki bazasının təkmilləşdirilməsi və inkişaf etdirilməsi ilə bağlı məsələləri müzakirə edir, adlı təqaüdlər verilməsi üçün namizədlərin siyahısını təsdiq edir, Akademiyanın strukturu barədə Akademiyanın rektoruna təkliflər verir, elmi tədqiqatların prioritet istiqamətlərini müəyyən edir, elmi tədqiqat planlarını və onların yerinə yetirilməsinə dair hesabatları, pedaqoji kadrların hazırlanması və əlavə təhsili planlarını təsdiq edir, doktoranturaya qəbul edilməsi, dissertant təhkim olunması, habelə yaradıcılıq məzuniyyətlərinin verilməsi üçün müraciət etmiş şəxslər sırasından namizədləri tövsiyə edir, Akademiyanın fəxri adlarını təsis edir, Akademiyanın təhsil birliklərinə, assosiasiyalarına və ittifaqlarına daxil olması və onlardan çıxması məsələlərinə dair Akademiyanın rektoruna təkliflər verir, Akademiya rektorunun Akademiyanın illik büdcəsi və onun icrası barədə hesabatını dinləyir Elmi Şuranın qərarları Akademiyanın rektoru tərəfindən təsdiq olunduqdan sonra qüvvəyə minir.
Elmi Şuranın iclasları protokollaşdırılır.